Una de las teorías presentadas en el documental sugiere que podría tener raíces en una familia de tejedores de seda de Valencia.
La película documental «Colón ADN. Su verdadero origen» de RTVE ha revelado que el análisis de los restos óseos de Cristóbal Colón, conservados en la Catedral de Sevilla, y de su hijo Hernando, sugiere que existen rasgos compatibles con un origen judío. El laboratorio dirigido por el investigador José Antonio Lorente en la Universidad de Granada se siente «orgulloso» de haber obtenido «resultados concluyentes» en este ámbito.
A lo largo de la historia, se han atribuido hasta 25 nacionalidades diferentes a Colón, aunque solo ocho de ellas han sido consideradas «convincente» por los científicos debido a su «consistencia histórica». Finalmente, los estudios de la Universidad de Granada apuntan a que el origen más probable de Colón sería judío, de una familia establecida en el arco mediterráneo español.
El profesor Lorente menciona en el documental que se cuenta con ADN de Cristóbal Colón, aunque sea parcial, y se tiene ADN de su hijo Hernando, cuyo parentesco está confirmado. En ambos tipos de ADN, el cromosoma Y (masculino) y el mitocondrial (transmitido por la madre), se han encontrado rasgos compatibles con un origen judío.
Francesc Albardaner, expresidente del Centre d’Estudis Colombins, siempre ha sostenido que Colón era un «judío de tomo y lomo», afirmando que sus escritos «rezuman judaísmo». Según él, Colón descendería de una familia valenciana de tejedores de seda, donde existía una larga tradición dentro de la comunidad judía.
Sin embargo, la investigación de la UGR no puede determinar con precisión su lugar de nacimiento, aunque sugiere que lo más probable es que su origen esté en el arco mediterráneo español o en las Islas Baleares, que en aquella época formaban parte de la Corona de Aragón. La teoría de su origen genovés, la más extendida y aceptada, ha sido rechazada con firmeza por los investigadores, quienes argumentan que Colón nunca escribió en italiano, ya que siempre se comunicó en castellano, incluso en sus cartas al banco de Génova.
Los científicos granadinos viajaron al norte de Italia para tomar muestras de ADN de hombres que viven entre Génova y Milán y que llevan el apellido Colombo. Si Colón era originario de esa región, los resultados deberían mostrar una similitud genética, pero el resultado fue inesperado: los Colombo no presentaban ninguna similitud genética. Los historiadores explican que, en esa época, era común que los niños abandonados por sus familias recibieran el apellido Colombo al ser dejados en puertas de iglesias y conventos.
La teoría de que Colón nació en Espinosa de Henares, Castilla, y que era hijo de Aldonza de Mendoza, sugiere que su madre falleció durante el parto. Se menciona que tuvo dos hijos, uno llamado Alfonso, que fue asesinado a los cinco años, y otro, Rodrigo de Mendoza, quien es considerado por algunos como Cristóbal Colón, y que tuvo que ocultarse para evitar el mismo destino que su hermano. Esta teoría se basa en el uso del castellano en los escritos de Colón y en el hecho de que no necesitó nacionalizarse para trabajar con los Reyes Católicos.
Portugal también ha sido considerado como el primer país donde se tiene constancia de que vivió Colón. Se dice que él vivió, se casó y capitaneó barcos portugueses, siendo cercano al rey Juan II de Portugal. Sin embargo, no existe ningún documento que lo mencione. Otra teoría portuguesa sostiene que Colón era un bastardo, hijo de una noble soltera y un franciscano.
En la provincia de Pontevedra, se han planteado dos teorías sobre su origen, siendo una de ellas «totalmente descartada». La teoría descartada habla de Pedro Álvarez de Sotomayor, un noble influyente que desapareció misteriosamente el mismo día que Colón se reunió con los Reyes Católicos. Eduardo Esteban, presidente de la Asociación Cristóbal Colón Gallego, sostiene que La Pinta arribó a Baiona para informar a los Sotomayor sobre su aventura.
Se comparó el ADN de Colón con el de un primo de Pedro Álvarez de Sotomayor, y no se encontraron similitudes. La segunda teoría gallega sitúa a Colón en Poio, argumentando que en esa época era la única parte del mundo donde existían personas con el apellido Colón. En el siglo XV, se encontraban apellidos como Colombo y Colom, pero el apellido Colon, tal como lo firmaba el navegante, solo se documenta en Poio. Además, se menciona a una mujer llamada Susana Fonte Rosa que vivió allí en el siglo XV, cuyo nombre coincide con el de la madre de Cristóbal Colón, Susana Fontanarrosa, quien era judía.
El equipo de Lorente excavó varios huesos en un cementerio cristiano del siglo XV, pero no lograron extraer ADN de los restos debido a las condiciones del lugar. Eduardo Esteban sugiere que, si Colón era judío, no deberían encontrarse enterrados en ese lugar.
Gabriel Martorell defiende que Colón nació en Mallorca en 1460, como hijo natural del príncipe de Viana y de la mallorquina Margarita Colón. Según esta teoría, Colón registró la isla Margarita de Venezuela con la palabra mallorquina y utilizó expresiones propias de la isla. Además, se argumenta que las Capitulaciones de Santa Fe eran un contrato excepcional, y Colón reclamó al rey Fernando los mismos cargos que correspondían a su padre, lo que indica que Fernando podría ser su tío.
Después de encontrar tumbas saqueadas y vacías, el equipo dio con un familiar del Príncipe de Viana en Palencia, donde los primeros análisis de ADN coincidieron, aunque posteriormente no ofrecieron suficientes similitudes.
Por último, se plantea la posibilidad de que Colón fuera un agote de la Baja Navarra. El médico estomatólogo José María Ercilla convenció a Lorente al señalar que Colón sufría de un síndrome de Reiter crónico, lo que se ha documentado en la población agote. Sin embargo, al comparar los resultados con los de la población analizada en la Complutense de Madrid, no se encontraron coincidencias.